Si bien la cuenca no es un área altamente productora de minerales, la producción mineral ocupa un lugar importante entre las actividades económicas de los países. Se destaca la presencia de depósitos de hierro y manganeso en Bolivia, muy cerca de Puerto Suárez, e importantes reservas de petróleo y gas. En las serranías costeras de Brasil abundan el hierro y el carbón y, si bien algunas de las zonas más importantes quedan fuera de los límites de la cuenca, de todos modos se produce una gran cantidad de minerales, que proporcionan una importante cantidad de materia prima para la industria local.